Trata acerca de la raza de los diclonius, una mutación del ser humano con cuernos, y su violenta relación con el resto de la humanidad. Contiene escenas de desnudos y una dosis generosa de sangre, gore y violencia psicológica. El título de Elfen Lied, pronunciado [ˈɛlfən liːt], viene del alemán y significa "Canción Élfica", toma su nombre del poema Elfenlied de Eduard Mörike.

La historia comienza con una joven, llamada Lucy, escapando de unas instalaciones de investigación en una isla cercana a la costa de Kamakura en la prefectura de Kanagawa de Japón. Desarmada y desnuda, a excepción de un casco integral de metal que le cubre la cabeza y oculta sus rasgos, Lucy consigue salir del recinto tras desmembrar y asesinar a varios guardias y empleados utilizando, aparentemente, una especie de poderes sobrenaturales. Momentos antes de escapar, un francotirador le dispara a la cabeza con un rifle antitanque del calibre 50, partiendo el casco, provocándole una herida leve y descubriendo dos protuberancias óseas, como pequeños cuernos, saliendo de su cabeza; tras esto, Lucy se despeña inconsciente por un acantilado y cae al mar.

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